W trakcie swojej kariery Marcin Malinowski rozegrał 458 spotkań, zdobywając 13 bramek na boiskach Ekstraklasy. Pozwala mu to zajmować drugie miejsce w klasyfikacji zawodników z największą liczbą występów w najwyższej klasie rozgrywkowej w Polsce. W Ekstraklasie występował w latach 1997-2015.
Po zakończeniu kariery pracował również z drużynami młodzieżowymi Odry Wodzisław, a także samodzielnie prowadził zespół Unii Turza Śląska. Od października 2019 roku znajduje się również w sztabie szkoleniowym Zagłębia Sosnowiec.